如果个人所得税年度预扣预缴税款与年度应纳税额不一致，如何处理？

根据《**税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》（**税务总局公告2018年第62号）**条第（三）、（四）项，符合“（三）纳税年度内预缴税额低于应纳税额；（四）纳税人申请退税”的情形，纳税人需要办理汇算清缴。纳税人应当在取得所得的次年3月1日至6月30日内，向任职、受雇单位所在地主管税务机关办理汇算清缴纳税申报，并报送《个人所得税年度自行纳税申报表》，税款多退少补。

如果自然人是直接提交专项附加扣除材料给主管税务机关，那么主管税务机关会把资料再传给扣缴义务人吗？

根据《**税务总局关于发布<个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）>的公告》（**税务总局公告2018年第60号）第十九条规定，纳税人可以采取多种形式向扣缴义务人或者主管税务机关报送个人专项附加扣除信息。纳税人既可以选择纳税年度内由扣缴义务人办理专项附加扣除，也可以选择年度终了后向税务机关办理汇算清缴申报时享受专项附加扣除。直接在税务机关办理专项附加扣除的，税务机关不会再告知扣缴义务人相关个人专项附加扣除信息。

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